Nachdem EVA-01 sich in einer scheinbar auswegslosen Situation ver-selbstständigte, ist Shinji in dessen Inneren gefangen. Während er sich dort auf eine Reise zu seinen eigenen Wurzeln macht, befallen Misato immer stärkere Zweifel an NERV. Welches sind die wahren Zielen der Organisation? Lediglich ihr Exfreund Kaji scheint mehr zu wissen über die dubiosen Verstrickungen von NERV in die Katastrophe des 'Second Impact'. Ein gefährliches Wissen.

Das Animationsstudio Gainax Co, Ltd. wurde im Dezember 1984 von ehemaligen Studenten aus Osaka ins Leben gerufen, die durch die gemeinsame Produktion von Amateurtrickfilmen für Science-Fiction-Conventions zusammengefunden hatten. Die Studiogründung fand statt, weil man für "Ooritsu Uchuugun - Honneamise no Tsubasa" mit Bandai Corp. erstmals einen bedeutenden Geldgeber für ein Projekt gefunden hatte. Dem ersten Großprojekt folgten nach einem Umzug nach Tokio mit "Top o nerae!" (im Westen unter dem Titel "Gunbuster" bekannt), der TV-Serie "Fushigi no Umi no Nadia" und den Videofilmen "Otaku no Video 1982" und "More Otaku no Video" bald weitere professionelle Produktionen. 1989 trat Gainax vor allem dank der Arbeit seines Gründungsmitglieds Akai Takami auch in den Bereich der Computerspielproduktion ein. Erste Erfolge waren "Dennoo Gakuen" (1989) und "Princess Maker" Teil 1 (1991) und 2 (1993). Nachdem man sich unter anderem auch mit der Konzeption und Durchführung von Anime-Events beschäftigt hatte, hatte 1995 die schon lange vor Ausstrahlung viel beachtete TV-Serie "Neon Genesis Evangelion" Premiere, die alle Rekorde des japanischen Trickfilmgeschäfts sprengte. Die neuen Serien des Studios heißen "Kare to kanojo no jijou" und "Furi Kuri".