Wayward Pines, Idaho, eine idyllische Kleinstadt mitten im Nichts. Hier soll Secret-Service-Agent Ethan Burke zwei Vermisste aufspüren. Doch als er nach einem Verkehrsunfall im Krankenhaus des Ortes wieder zu sich kommt, ist seine eigentliche Mission sein geringstes Problem: All seine Sachen sind verschwunden, die Menschen um ihn herum verhalten sich äußerst merkwürdig, auf seine Fragen bekommt er nur ausweichende Antworten. Und als Ethan dann versucht, Wayward Pines zu verlassen, stößt er auf einen unüberwindbaren Zaun und ein grauenvolles Geheimnis ...