Selbst Jahrhunderte später werden die letzten Jahrzehnte des zwanzigsten Jahrhunderts - von denen, die die Wahrheit kennen - immer noch als das dunkelste und gefährlichste Kapitel der Menschheitsgeschichte betrachtet. Es gibt noch viele offene Fragen über die schrecklichen Eugenischen Kriege, die während der 1990er auf der Erde tobten. Es war ein apokalyptischer Konflikt, der die Zivilisation an den Rand eines neuen finsteren Mittelalters brachte. Als eine uralte und verbotene Technologie die Menschheit erneut verlockt, muss Captain James T. Kirk tief in die Geheimnisse der Vergangenheit vordringen, um den wahren Ursprung der berüchtigten Eugenischen Kriege zu entdecken. sowie den Ursprung des Mannes, der zum vielleicht gefährlichsten Gegner wurde, dem er sich jemals gegenübersah. Im Jahr 1974 startet ein Konsortium von Wissenschaftlern das Chrysalis-Projekt, ein streng geheimes Genforschungsexperiment. Das Ziel ist nicht weniger, als die Erschaffung künstlich verbesserter Männer und Frauen: klüger, schneller und stärker als gewöhnliche Menschen - eine Superrasse, um die Führung des gesamten Planeten zu übernehmen. Gary Seven, ein Undercover-Agent einer hochentwickelten außerirdischen Spezies, ist von den Zielen des Projekts zutiefst beunruhigt. Mit seiner Kollegin Roberta Lincoln und der geheimnisvollen Isis riskiert er Kopf und Kragen, um die heimtückischen Pläne zu vereiteln und die Bedrohung auszulöschen, die das Projekt für die Zukunft darstellt. Aber vielleicht ist es schon zu spät. Eine Generation von Übermenschen wurde bereits erschaffen.